Kit chuẩn bị thư viện NGS – Takara

Mô tả

Kit chuẩn bị thư viện NGS – Takara

Takara cung cấp các sản phẩm đẳng cấp cao giúp các nhà khoa học vượt qua các rào cản kỹ thuật nhằm tập trung vào phát triển nghiên cứu khoa học. Dòng sản phẩm NGS đa dạng mang lại cho bạn độ nhạy và độ lặp lại cao nhất cho các ứng dụng giải trình tự, không bị giới hạn bởi loại mẫu và lượng đầu vào.

1. Giải trình tự DNA

Chuẩn bị một thư viện DNA chất lượng cao là bước đầu tiên trong một quy trình giải trình tự DNA. Với các trường hợp mẫu DNA hạn chế hoặc có chất lượng biến thiên, phương pháp chuẩn bị thư viện phải chính xác và hiệu quả, tránh các bước tinh sạch làm giảm lượng DNA trong mẫu. Dòng sản phẩm SMARTer DNA Sequencing của Takara đáp ứng được các yêu cầu trên với workflow 1-ống duy nhất dành cho các mẫu gây thử thách như tế bào đơn, cell-free DNA, hoặc DNA từ mẫu FFPE.

Sản phẩm ThruPLEX DNA-seq kit có thể sử dụng cho bất kỳ ứng dụng DNA-seq, RNA-seq, hoặc ChIP-seq, cung cấp hiệu năng giải cao tương thích với tất cả nền tảng khuếch đại mục tiêu hàng đầu trên thị trường. ThruPLEX Plasma-seq kit được tối ưu hóa cho mẫu cell-free DNA. ThruPLEX Tag-seq kit kết hợp một loại tag phân tử độc đáo cho phép phát hiện các allele có tần số thấp. 

PicoPLEX WGA kit và SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq kit là các kit chuẩn vàng trong ứng dụng phát hiện lệch bội từ các mẫu tế bào đơn hoặc mẫu có lượng thấp chỉ vài picrogram.

2. Giải trình tự RNA

Takara cung cấp các công cụ cao cấp cho phép phân tích transcriptome một cách chính xác và nhanh chóng cho ứng dụng RNA-seq, và vẫn đang tiếp tục cải tiến và phát triển dựa trên công nghệ SMART (Switching Mechanism at the 5′ end of RNA Template) của Takara, công nghệ giúp mang lại khả năng chuyển đổi bản mẫu (template-switching) của một số enzyme reverse transcriptase để tạo ra cDNA mạch đôi trong cùng một bước. 

Các ưu điểm của dòng sản phẩm này gồm:

• Nhanh chóng và đơn giản – công nghệ SMART không cần ligation giúp quy trình chuẩn bị thư viện RNA-seq của bạn đạt hiệu quả cao hơn bất chấp lượng mẫu ít hay nhiều.
• Chính xác – xác định mạch ban đầu của mỗi transcript với độ chính xác >99% cho cả mẫu động vật có vú và cả các động vật khác.
• Nhạy – phát hiện các transcript hàm lượng thấp, bao gồm cả noncoding RNA.
• Linh động – Sequencer-agnostic cDNA synthesis kit không giới hạn các phương pháp tiếp cận sau đó.
• Đặc hiệu – chỉ giải những transcript mà bạn quan tâm.

3. Giải trình tự toàn bộ gene (WGS)

Dòng sản phẩm PicoPLEX WGA gồm 3 sản phẩm khác nhau, tất cả đều có thể khuếch đại DNA trực tiếp từ dịch phân giải tế bào từ 1-10 tế bào, và cũng có thể được sử dụng với gDNA đã tách chiết với nồng độ từ 6 pg đến 50 pg. Các sản phẩm này được dùng cho các ứng dụng array CGH, qPCR và NGS.

• PicoPLEX WGA Kit (Cat. #R30050): Kit hiện đang được sử dụng cho rất nhiều kỹ thuật phát hiện CNV (copy number variation). Đây là lựa chọn tốt nhất cho các ứng dụng cần độ chính xác và độ lặp lại cao nhất trong việc định lượng CNV.
• PicoPLEX Single Cell WGA Kit (Cat. # R300671, R300672, R300673): là phiên bản mới của PicoPLEX WGA. Kit cũng phù hợp cho việc phát hiện CNV và song song đó vẫn giữ được hiệu suất cao và hỗ trợ khuếch đại các amplicon dài. Sản phẩm này phù hợp nhất với các ứng dụng cần hiệu suất khuếch đại cao.
• PicoPLEX Single Cell WGA Kit v3 (Cat. # R300718, R300722, R300723): là phiên bản mới nhất của PicoPLEX WGA với enzyme khuếch đại độ chính xác cao (high-fidelity). Kit phù hợp cho các ứng dụng phát hiện đột biến điểm (SNV – single nucleotide variant) và cả ứng dụng phát hiện CNV.

4. Giải trình tự RNA / DNA tế bào đơn

Nghiên cứu tế bào đơn cho phép tìm hiểu sâu hơn về sự phát triển, các đặc điểm dòng tế bào, tính đa dạng của khối u và tế bào. Tuy nhiên, lượng RNA và DNA hạn chế trong tế bào đơn mang lại nhiều thử thách trong việc thu nhận được một thư viện đồng đều. Kit Single-cell RNA-Seq của Takara dựa trên công nghệ SMART (Switching Mechanism at 5’ end of RNA Template) giúp đảm bảo độ phủ đồng đểu và toàn bộ, ngay cả khi làm việc trực tiếp trên tế bào. Các kit chuẩn bị thư viện RNA tế bào đơn và khuếch đại toàn bộ gene dựa trên công nghệ PicoPLEX, một công nghệ quasi-random priming – chuẩn vàng trong kỹ thuật khuếch đại toàn bộ gene. 

SMART-Seq Single Cell Kit

• Được thiết kế để tạo ra cDNA chất lượng cao và đủ chiều dài trực tiếp từ các tế bào đơn. Sản phẩm đã được kiểm nghiệm với 2 pg RNA tổng và với các tế bào đơn được biết là có lượng RNA thấp (vd., các tế bào đơn nhân máu ngoại vi).

SMART-Seq HT Kit

• Được thiết kế để tổng hợp cDNA chất lượng cao trực tiếp từ 1-100 tế bào nguyên vẹn hoặc lượng RNA tổng cực kỳ thấp (10-1.000 pg). Quy trình của sản phẩm giúp giảm đáng kể thời gian thao tác trong khi vẫn duy trì hiệu năng cao và độ nhạy của các kit phiên bản trước. Thư viện cDNA tạo ra với kit này đã được kiểm tra sự tương thích với nền tảng giải trình tự Illumina.

SMARTer PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit

• Được thiết kế để tạo ra thư viện DNA chất lượng cao từ các tế bào đơn cho giải trình tự dựa trên nền tảng Illumina. Sản phẩm dựa trên công nghệ PicoPLEX tiên tiến với hiệu suất tạo thư viện có độ lặp lại cao từ 1-5 tế bào động vật có vú hoặc gDNA, cho ra kết quả đáng tin cậy từ cả những loại mẫu đầy thử thách như tế bào đơn cố định bằng formalin.

5. Immune Profiling

Immune profiling liên quan đến việc phân tích các thụ thể tế bào T và B (TCRs/BCRs), các thụ thể cho phép tế bào gắn vào các kháng nguyên đặc hiệu, tăng sinh và sau đó khởi sự một đáp ứng miễn dịch đặc hiệu. Takara cung cấp một nhóm các sản phẩm dành cho phân tích tế bào T và B ở người (SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit, SMARTer Human scTCR a/b Profiling Kit) và chuột (SMARTer Mouse TCR a/b Profiling Kit, SMARTer Mouse BCR IgG H/K/L Profiling Kit) nhằm giúp nghiên cứu về sự phát triền của tế bào miễn dịch, khảo sát cơ chế các bệnh tự miễn và ung thư, và phát triển các mô hình liệu pháp miễn dịch của các bệnh đặc trưng.

Các Immune Profiling của Takara giúp đơn giản hóa việc chuẩn bị mẫu bằng việc kết hợp công nghệ SMART với 5’ RACE để bắt lấy các trình tự V(D)J, bắt đầu từ mẫu RNA. Không như các phương pháp sử dụng DNA làm bản mẫu, các sản phẩm này xác định các trình tự thụ thể đã được biểu hiện và cung cấp độ nhạy cao hơn cho việc xác định tốt hơn các biến thể chức năng (functional variants) đặc trưng. Bằng cách tránh các phản ứng multiplexed PCR, các sản phẩm này cho kết quả lặp lại, độ nhạy và đồng đều cao từ một phạm vi rộng các lượng đầu vào.

Các đặc điểm nổi bật của nhóm sản phấm Immune Profiling:

• Nhạy: có thể phát hiện các biến thể chức năng hiếm
• Lặp lại: kết quả xác định clonetype và gọi isotype nhất quán từ một phạm vi rộng các lượng đầu vào
• Đặc hiệu: Phản ứng RACE-based PCR giúp bắt các trình tự mục tiêu một cách hiệu quả
• Sẵn sàng cho Illumina: thư viện giải trình tự có thể được multiplex với tối đa 96 lựa chọn index.

6. Epigenetics và giải trình tự small RNA

Epigenetic profiling liên quan đến việc mô tả các cấu trúc chromatin, các tình trạng DNA methylation, và tương tác protein-DNA, trong khi đó smRNAs (small noncoding RNAs) và microRNAs (miRNAs) có nhiều chức năng ảnh hưởng đến biểu hiện gene trong tế bào. Takara cung cấp các sản phẩm nhằm giúp cho việc phân tích epigenetics, tương tác protein-DNA và small RNA một cách dễ dàng hơn. Thông tin về epigenome có thể được sử dụng để dự đoán tiềm năng phát triển của các tế bào và để hiểu cơ chế điều hòa gene trong quá trình phát triển và tiến triển bệnh. ChIP-seq (chromatin immunoprecipitation and sequencing) đã được sử dụng một cách rộng rãi cho việc xác định các thay đổi ở histone của chromatin, nhưng nó cũng có thể được sử dụng để xác định vị trí tương tác giữa các nhân tố phiên mã hoặc các protein gắn DNA khác với bộ gene. 

ChIP-seq kit của Takara

• Cung cấp giải pháp nhanh gọn và đơn giản giúp thu nhận crosslinked DNA và tạo thư viện giải trình từ từ các phức hợp protein-DNA. EpiXplore Meth-Seq DNA Enrichment Kit giúp cho việc chuẩn bị thư viện giải trình tự từ các phân đoạn DNA methyl hóa và không-methyl-hóa một cách nhanh chóng và dễ dàng. Các phương pháp chuẩn bị thư viện ligation-free này dựa trên công nghệ DNA SMART, cho phép tạo thư viện có độ lặp lại cao từ những mẫu có lượng đầu vào thấp.

Các chức năng trong tế bào của smRNA và miRNA khá biến thiên, bao gồm điều hòa RNA splicing, trung gian điều hòa sự thông tin can thiệp theo kiểu giống như hormone, và tham gia vào cơ chế bảo vệ bộ gene. Việc định lượng chính xác các loại RNA quan trọng này là một thử thách lớn. Kit smRNA-seq của Takara bắt lấy miRNA, siRNA, piRNA và snoRNA và dựa vào công nghệ SMART nhằm tránh sự chênh lêch ligation, trong khi kit microRNA-seq được thiết kế đặc biệt nhằm xác định miRNA sử dụng công nghệ MAGIC (Mono-Adapter ligation and Intramolecular Circulation) giúp giảm thiểu hóa sự chênh lệch.

Thông tin bổ sung

• ProductPortfolio-compressed